Casi todas las distribuciones de Linux ofrecen un conjunto de aplicaciones preinstaladas. Una distribución tiene un repositorio de paquetes con una basta colección de aplicaciones disponibles para instalar a través de su gestor de paquetes package manager. Aunque las diversas distribuciones ofrecen aproximadamente las mismas aplicaciones, existen varios sistemas de gestión de paquetes diferentes para varias distribuciones, por ejemplo, Debian, Ubuntu y Linux Mint utilizan las herramientas dpkg, apt.get y apt para instalar paquetes de software, generalmente denominados paquetes DEB. Por el contrario, distribuciones como Red Hat, Fedora y CentOS usan comandos rpm, yum , dnf que a su vez instalan paquetes RPM. Como el empaquetado de la aplicación es diferente para cada familia de distribución, es muy importante instalar paquetes desde el repositorio correcto diseñado para la distribución en particular.
Los comandos dpkg y rpm operan en archivos de paquetes individuales. En la práctica, casi todas las tareas de gestión de paquetes son realizadas por los comandos apt-get o apt en sistemas que utilizan paquetes DEB o por yum o dnf en sistemas que utilizan paquetes RPM. Estos comandos funcionan con catálogos de paquetes. Se puede descargar nuevos paquetes y sus dependencias, además comprobar si hay versiones más nuevas de los paquetes instalados.